資策會認為新竹市長高虹安論文侵害資策會著作權，提起刑事自訴。一審認定提告已逾6個月的告訴期間，判決不受理。二審16日認未逾期，為保障審級利益，撤銷原判，發回北院更審。高虹安對此僅表示，現階段會以市政工作為重，謝謝各界關心。
二審的智慧財產及商業法院16日表示，高虹安明知財團法人資訊工業策進會依經濟部科技補助計畫產出的論文一：「Quality prediction modeling for multistage manufacturing based on classification and association rule mining」、論文二：「Sparse Coding for Manufacturing Quality Prediction 」，為資策會的語文著作，高虹安未經資策會同意，非法將論文一至少8成以上、論文二至少3成以上重製、改作於其美國辛辛那提大學博士論文。
此博士論文民國107年4月27日發表後，隨即公開傳輸至美國俄亥俄州圖書資訊網路及資料庫供大眾下載。資策會認為高虹安違反著作權法，提起刑事自訴。
一審台北地方法院認定，學者陳時奮（化名翁達瑞）早於110年10月中旬即於個人臉書公開宣稱此博士論文涉嫌抄襲本件論文一，資策會當時已知悉此事，另此件論文一、二均出自於經濟部同一專案補助且發表時間甚近，資策會自會一併就本件論文二比對，但資策會卻遲至111年10月下旬才提起自訴，已逾6個月告訴期間，判決自訴不受理。
案經上訴，二審由智商法院審理。二審合議庭16日表示，高虹安的博士論文確實有8成、3成的內容跟資策會的論文一、二雷同，高虹安在審理期間也不爭執。
二審認定資策會於111年10月25日（提告）回溯6個月之前，並未就高虹安博士論文與論文一做內容比對；鏡周刊於111年9月20日報導載有高虹安博士論文與本件論文一、二的比對表格，及資策會委託某法律事務所於111年10月13日寄發高虹安的通知函內容大致相符，可見資策會是自鏡周刊報導後始知悉高虹安博士論文有抄襲本件論文二，而進行實質比對，始確知高虹安博士論文有抄襲論文二。
二審認定，一審北院未詳為調查，逕自推斷資策會提起本件自訴已逾6個月告訴期間，已有違誤，資策會上訴指摘原判決不當，為有理由，為保障高虹安的審級利益，依刑事訴訟法第369條但書規定，撤銷原判決，發回北院更為適法裁判。
「我是新竹人」臉書粉專表示，這官司的發展路線，簡直比台灣八點檔的劇情還要百轉千迴。一般人光是去法院處理個車禍理賠就覺得心累無比，高虹安這幾年根本是把法院當自家「造咖」（廚房）在走啊！
