由廈門市政府、北京清華大學、新竹清華大學校友會於北京宣布組建的「清華海峽研究院」先前在台設立「兩岸產業促進中心」，並由黃小琛擔任執行長；不過，教育部認為，此研究院是北京清華大學及廈門市政府共同成立的單位，違反《兩岸人民關係條例》，2022年1月裁處50萬罰鍰，黃小琛不服，提訴願遭駁回，改提行政訴訟，台北高等行政法院再判黃敗訴，最高法院近日駁回確定。
黃小琛主張，兩岸產業促進中心是台灣清華大學校友自主成立的校友交流平台，非教育部管轄，教育部處分不當，而兩岸產業促進中心僅使用清華海峽研究院所承租的場地，不隸屬清華海峽研究院，此研究院也非教育部管轄的單位，教育部以清華海峽研究院未經許可，即在台成立清華海峽研究院分支機構裁處罰鍰，無管轄權。
黃小琛也提出，據廈門市政府的編制，並無清華海峽研究院，研究院非大陸的公部門，只是北京清大在陸各地結合地方政府資源成立的「地方研究院」，主要是科技創新、技術移轉等職能法人，性質上不同於北京清華大學，並非大陸教育部直屬機構，也不是政務系統所屬事業單位。
北高行調查，大陸清華大學是對岸教育部直屬大學，清華海峽研究院確實屬於北京清華大學的事業單位，是大陸政務系統的行政單位，或具政治性的機構、團體；清華海峽研究院是北京清華大學及廈門市政府共同成立，明確為大陸政務系統所屬事業單位。
北高行認定，黃小琛未經許可，與北京清華大學及廈門市政府共同推動清華海峽研究院，多次從事合作與業務等活動，已違反《兩岸人民關係條例》2個行政法上義務規定，且教育部的處分並無違法，黃訴請撤銷無理，判敗訴。
黃小琛不服，上訴最高行政法院，最高行政法院認為台北高等行政法院審理、用法無違誤，駁回上訴確定。黃小琛需支付50萬元罰鍰。
不過，早在2021年11月，台北市議員侯漢廷便在臉書批評，清華海峽研究院2016年就在薪竹清華大學租借辦公室，「5年了，如今才發現？真危害所謂國安，還能拖到現在？」
侯漢廷當年指出，民進黨已經無限制擴大法條解讀，《兩岸條例》禁止的是：影響「國家安全或利益」之合作行為、「涉及政治性內容的合作行為」，但教育部卻指出：「只要與中國黨政軍相關單位合作本身就是觸法，這不是一般學術交流。」侯漢廷批評，法律只禁「政治行為」，但民進黨卻是「什麼都禁」，違法擴權，是百分百的羅織罪名。
