前總統馬英九昨（24日）受訪時指控，基金會前執行長蕭旭岑及前幕僚王光慈涉及「財政紀律問題」，才會將他們解職，並移送司法調查；馬英九說：「蕭旭岑如果行得正、坐得端，哪怕什麼人挑撥？」；對此，蕭旭岑今（25日）出面受訪時透露，他在事發後曾試圖聯繫馬英九，盼至少能做個解釋，「但他完全不見我，我也很遺憾。」
馬英九在《聯合報》專訪時透露，蕭旭岑、王光慈兩人去職原因是因為涉及一些財政紀律的問題，兩人常常結伴到中國大陸訪問，而且接觸很多台商，「中間有無財務上的關係，他們沒有告訴我」。
馬英九自信的表示：「我做人做事一向是涇渭分明，像有關財務方面，一定要保持清楚。」並指具體事證已經整理得差不多，之後會送請司法調查，強調：「我們有信心」。
「有關蕭旭岑兩人的問題，除了內部員工檢舉外，基金會也有發現。」馬英九還說，遭外界點名的高華柱是基金會董事，年紀長一點，但很正直、清廉，他加入基金會後，扮演非常重要的角色，而金溥聰與他合作多年，「（找他）這有什麼奇怪的？」
馬英九強調，對於發生這樣的事毫無疑問，他非常心痛，這些人跟了他很多年了，這樣的事情他真的非常難過，「我都會暗中落淚」，但是他從政多年，最恨貪污、背信，所以一定堅持查清楚，協助處理此事的高華柱是董事，也都知情，他希望司法機關徹底調查，並表示：「蕭旭岑若行得正、坐得端，怕什麼人挑撥？」
對於馬英九的發聲；蕭旭岑今天（25日）回應說「長輩這樣子講，你能說什麼？」他指出，事實上他赴陸進行學生交流的前後都有向馬前總統詳實報告，甚至是在馬英九的囑咐下才與對方相關人士打招呼，「結果你現在懷疑東懷疑西，我很無奈」。
針對這起人事風波是否由金溥聰在背後操作？蕭旭岑表示，他不清楚金溥聰的角色，但質疑發動攻擊的時間點極其詭譎，「為什麼在我擔任副主席、推動兩岸交流最關鍵的時刻，來發動這種莫須有的罪名？」
蕭旭岑直言，有媒體記者私下向他說：「真正保護馬總統的人被趕出去；完全不想保護馬總統、只想利用他的人卻進來了。」 他說，事實上馬英九基金會資源極少，甚至需與他人合辦活動，對於目前的指控感到不可理喻。
蕭旭岑表示，其實現在的重點不在於馬英九，他要正告在背後的有心人士，「你們到底居心何在？為什麼在他擔任副主席之後，來發動這些攻擊？針對兩岸關係也針對鄭麗文、針對藍白合要進行毀滅性的破壞？你們或許不太知道馬前總統的情況，但是現在已經事已至此，你們還要當幫兇嗎？」
對於媒體提問馬英九的健康狀況是否影響判斷，蕭旭岑坦言說：「我只能就事實陳述，就是有些事情馬前總統忘記了。」他指出，事發至今他一直試圖聯繫馬前總統，希望能親自解釋，彌補這16、17年來的互動情誼，「但他完全不願聽我說明、完全不見我，我也很遺憾。」
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