日本正面臨近年來最嚴重的百日咳疫情。根據日本國立健康危機管理研究機構（JIHS）統計，截至上月（6月）29日的一周，日本全國醫療機構通報新增3353例百日咳病例，較前周3211例再增加142例，連續2周刷新2018年採用現行統計方式以來的新高紀錄。
截至6月底，2025年累計病例已達39672例，年度病例數恐達8萬人規模，遠超2024年全年總數4054例。
綜合《日本放送協會》（NHK）與《FNNプライムオンライン》報導，百日咳由博德氏桿菌（Bordetella pertussis，即百日咳桿菌）引起，通過飛沫傳播，初期症狀類似感冒，但可能發展為劇烈咳嗽，持續數周甚至長達2至3個月，尤其對6個月以下嬰兒構成嚴重威脅，可能引發肺炎、腦病甚至死亡。
今年截至6月底，日本至少4個地區通報4名1至4個月大的嬰兒因百日咳死亡，其中部分病例涉及抗藥性菌株，顯示常用的巨環內酯類抗生素（Macrolide antibiotics）對這些菌株無效，增加治療難度。東京兒童醫療中心主任堀越裕歩（Yuho Horikoshi）指出，未接種疫苗的嬰兒病情進展迅速，極易引發嚴重併發症。
目前疫情主要集中在10至19歲青少年，占2025年前21周累計病例的58.7%，顯示疫苗免疫力隨時間減弱。地區分佈上，東京（234例）、埼玉（229例）、神奈川（163例）、茨城（154例）及新潟（140例）病例數最多，而新潟（每10萬人70.2例）及宮崎（81.1例）的發病率最高。日本小兒科學會呼籲，嬰兒應在出生2個月起接種4劑「DPT-IPV-Hib五合一疫苗」，並建議11至12歲兒童自費追加三價疫苗（約5500日元、台幣1100元），以保護家中幼兒。厚生勞動省則敦促民眾接種疫苗、佩戴口罩並保持咳嗽禮儀。
專家分析，疫情激增有兩大原因：首先，新冠肺炎疫情期間的防控措施降低百日咳感染率，導致群體免疫下降；其次，抗藥性菌株的出現加劇傳播。新潟大學教授齋藤昭彥（Akihiko Saito）警告，抗藥性菌株使治療更具挑戰，需及早使用針對耐藥菌的藥物，尤其對高風險嬰兒。日本當局正加強監測，並呼籲孕婦及青少年接種加強針，以降低嬰兒感染風險。
