美軍駐日基地多年來與周邊居民持續傳出爭議，除了不斷發生的軍紀問題外，對環境的影響也備受爭議。
2023年1月，位於日本東京都的駐日美軍橫田基地（米軍横田基地）發生一起污染水外洩事故，遭指控含有致癌風險的有機氟化合物（PFAS）。美國國防部今年（2025年）4月發布的報告坦承，基地對污染廢水的管理不當，存在「讓員工及民眾暴露於健康風險」的問題，引發關注。
綜合《日本經濟新聞》與《日本放送協會》（NHK）周一（2日）報導，美國國防部的報告書顯示，事故發生於2023年1月25日至26日，基地消防設備外洩約950公升含有PFAS代表物質PFOS和PFOA的污染水。美軍原本將相關廢棄物存放於基地內一處商店後方，但因有害廢棄物專用儲存場所已滿，未能使用適當的儲存設施。雖然現場設有「禁止進入」標示，但管理鬆散，基地內一般員工仍可輕易進入，違反了駐日美軍有關有害廢棄物儲存的內部準則。駐日美軍在報告書的建議下承諾，將制定計畫，確保即使儲存場所滿載，也能遵循準則妥善管理有害廢棄物。
近年來，日本國內多個美軍基地周邊頻頻檢出高濃度PFAS，引發當地居民對健康安全的擔憂。特別是在擁有眾多美軍基地的沖繩縣等地，居民對美軍長期以來的環境管理問題提出強烈質疑。
駐日美軍基地與周邊居民的環境糾紛近年來屢見不鮮，尤其涉及PFAS污染的問題更成為焦點。位於東京都的橫田基地自2010年至2012年間，基地內就發生3起含有PFAS的泡沫滅火劑外洩事件；2024年8月，因大雨導致含有PFAS的污染水疑似外流至基地外，引發當地民眾抗議。位於琉球（日稱沖繩）的普天間基地在2020年4月，超過14萬公升含有PFAS的泡沫滅火劑從基地外洩，嚴重影響周邊環境，引發居民抗議。
這些事件加劇了當地居民對美軍基地環境管理的質疑，特別是PFAS對水源及健康的潛在危害，促使日本地方政府要求更嚴格的環境監管與透明化。美軍則承諾改善管理措施，但具體成效仍待觀察。
